Tal como se ha mencionado, el INB aplica los mandatos del MAE que a su vez, coordina su accionar dentro de las políticas del MICSE que se rige por el Consejo Sectorial de Sectores Estratégicos. Aplica las regulaciones y rectoría del MAE en el sector de Gestión Ambiental, así como, recibe las respectivas orientaciones en líneas de investigación científica, para validar e incorporar investigadores acreditados dentro del tema de la Biodiversidad por parte del SENESCYT.

Con el sector privado, la cooperación internacional, las universidades, escuelas politécnicas e institutos nacionales e internacionales de investigación, ejecuta su accionar conforme sus facultades y competencias. A continuación, en la siguiente gráfica se detallan las principales articulaciones directas e indirectas del INB con otras entidades e institutos con fines similares de investigación especializada e innovación:

Mapa de relacionamiento interinstitucional del Instituto Nacional de Biodiversidad.